Germà de Raimon Panikkar i de Mercè Pàniker, estigué casat amb la dibuixant i escriptora Núria Pompeia. Enginyer industrial i llicenciat en lletres, en l’especialitat de filosofia, exercí el periodisme, i publicà articles i reportatges. Els seus dos llibres d’entrevistes, Conversaciones en Cataluña (1966) i Conversaciones en Madrid, (1969, Premi Internacional de premsa), tingueren una gran repercussió en el seu moment. El 1983 obtingué el premi de periodisme Godó Lallana del diari La Vanguardia per l’article Música de fondo. L’any 1965 fundà l’editorial Kairós, de la qual fou president. Dedicada a la filosofia, a l’assaig i al pensament en general, l’editorial introduí a l’Estat espanyol autors com Alan Watts, Edgar Morin, Jiddu Krishnamurti i, més tard, Daniel Goleman. El 1984 fundà l’Associació Dret a Morir Dignament, que propugna la legalització de l’eutanàsia, i que també presidí (1990-2010).
La seva filosofia intenta conciliar l’espiritualitat oriental amb el pensament científic i amb una dimensió mística i transcendent. Exposada en diversos llibres, cal destacar-ne Aproximación al orígen (1982). També es poden esmentar A propósito de Sartre, la fe y los dioses (1965), Los signos y las cosas (1969), Cibernética y budismo Zen (1971), Ensayos retroprogresivos (1987), Filosofía y mística. Una lectura de los griegos (1992), Variaciones 95 (2002), Asimetrías: apuntes para sobrevivir en la era de la incertidumbre (2008), a més de La Dificultad de ser español y otras contrariedades (1979), de tema polític. Són també molt destacables els seus dietaris, en els quals combina vivències personals i reflexions: Primer testamento (1985), Segunda memoria (1988), Cuaderno amarillo (2000), Diario de otoño (2013), Diario del anciano averiado. 2000-2004 (2015) i Adiós a casi todo (2017). Fou diputat per la Union de Centro Democrática (1977), tot i que renuncià a l’escó al cap de pocs dies.