Era fill d’una família de pagesos pobres. Ordenat sacerdot el 1949, fou bisbe de San Cristóbal de las Casas (1959-99), a Chiapas. La seva defensa de la població indígena d’aquest estat el dugué a enfrontaments amb el govern mexicà, que l’acusà d'ésser l’instigador de la revolta zapatista (1994). L'any 2008 fou designat per l'Ejército Zapatista de Liberación Nacional mediador amb el govern de Felipe Calderón. Fou nomenat doctor honoris causa per la Universitat Iberoamericana de Mèxic, l'Autònoma de Barcelona (1997) i l'Autònoma de Sinaloa (2001). El 2000 rebé el premi Simón Bolívar de la UNESCO i el 2001 el Premi Internacional de Drets Humans de Nuremberg.