Conquerida Lleida, el bisbe Guillem Pere de Ravidats consagrà la mesquita al culte catòlic (1149), i el 1168 es constituí cap a la pabordia de Sant Joan del Segrià, que comprenia les esglésies de Torrefarrera, Rosselló, Alandir, Vila-ratera (Alguaire), Vilanova del Segrià, Raïmat i Sant Salvador. Els hospitalers de Sant Joan de Jerusalem, que des del 1152 posseïen la comanda d’Alguaire, pretenien la plena jurisdicció sobre el Segrià, i del 1173 al 1192 sostingueren un espinós litigi amb els bisbes de Lleida, en el qual intervingué el legat Gregori, cardenal de Sant'Angelo, nebot del papa Celestí III. Els hospitalers acabaren vencent, però la parròquia persistí. El 1282 és esmentada encara l’església de Sant Joan del Segrià; el 1382 consta igualment la pabordia del Segrià adscrita a la catedral de Lleida. En canvi, ja no consta en els censos del 1429. El raval desaparegué a conseqüència del despoblament ocasionat pel cicle pestífer del 1348 al 1380. L’església esdevingué una casa de camp. Després de la Guerra Civil de 1936-39 en aquest indret ha estat creat un suburbi d’immigrants del S de l’Estat espanyol, el Secà de Sant Pere.