Sota el santuari s’obre la cova de Sant Josep, caverna natural d’origen càrstic, amb dues boques, per una de les quals (font de Sant Josep) neix un corrent d’aigua de 4 300 litres per minut, canalitzat fins a la ciutat, on rega les hortes i s’uneix al Belcaire o riu de Sant Josep; la profunditat de la cova, gràcies a les perforacions que hom hi practica, té prop d’1 km, en una gran part navegable amb barca i que ha estat il·luminada i oberta al turisme (és visitada anualment per unes 200 000 persones).