Existia ja el 872 com a cel·la monàstica dependent de Sant Aniol d’Aguja. Entre el 898 i el 1002 continuava citant-se com a cel·la monàstica sotmesa a la propietat de la mitra de Girona, i en aquest temps s’hi traslladà la comunitat de Sant Aniol. Des del 1003 consta regida per l’abat Abbó i amb força empenta i participació dels abats en la vida del comtat de Besalú. Entre els segles XI i XII hom reedificà l’església, de tres naus, abandonada al segle XVIII i actualment en ruïnes, i un claustre, del qual només restava una galeria adossada a l’església que fou robada modernament. Decaigué molt al segle XV, quan comptava només amb quatre comunitaris. El 1592 fou unida per butlla papal a Sant Pere de Besalú, però la unió no es féu fins després del 1605, en morir el darrer abat Jaume Coll. Des d’aleshores fou pràcticament una petita parròquia rural del poble de Sous, amb una nova església adaptada el 1829 per l’abat de Besalú, Melcior de Rocabruna i Taverner, en el que fou antiga residència monàstica.
El conjunt restà totalment abandonat i ruïnós, fins que l’any 1984 s’hi iniciaren treballs de recuperació del monestir. El 2012 hom obrí parcialment el monestir al públic.