La priora Boneta Rigarda adquirí la capella de Sant Marc, amb una casa i terres, a un sabater de Castelló el 1396 i la comunitat s’hi traslladà vers el 1407 des de Santa Margarida de Vilanera, del terme de l’Escala, després d’haver-se fusionat el 1368 amb les poques monges que restaven dels antics convents de Santa Coloma de Matella (Matella) i Sant Joan de l’Erm (cinc entre els tres convents). El 1421 un aiguat assolà el convent i les terres, que es repararen poc després. Vers el 1563 les tres comunitàries de Sant Marc es fusionaren amb Sant Daniel de Girona. La capella de Sant Marc, existent encara el 1552, fou destruïda per una nova revinguda de la Muga.