Els jerònims s’hi establiren el 1546, però la fundació, obra de Germana de Foix i del seu tercer marit Ferran d’Aragó, duc de Calàbria, lloctinents de València, que més tard foren enterrats a la cripta de l’església del monestir, datava del 1535. Els inicis del monestir foren molt turbulents: els fundadors adquiriren el monestir cistercenc de Sant Bernat de Rascanya, fundat el 1371, filial de Valldigna, i sobre el seu solar feren edificar el nou edifici. Els monjos de Valldigna es resistiren a abandonar el lloc, i per això calgué expulsar-los-en violentament el 1545 i sostenir un plet que acabà a favor dels jerònims el 1570. L’edificació actual es construí entre el 1537 i el 1644, i es féu segons els plans d’Alonso de Covarrubias, amb moltes influències d’Herrera, i en resultà una espècie d’Escorial en petit. La portada barroca de l’església s’acabà el 1644, i l’any següent en consagrà l’església l’arquebisbe de València Isidoro Aliaga. El conjunt de l’edificació és de planta rectangular, amb dos grans claustres —un d’ells inacabat— a cada costat de l’església i fortes torres quadrades als angles. Ressalten també de la seva estructura les dues torres que fan costat a la façana de l’església i la cúpula del temple. La llarga durada de les obres i el pas successiu dels arquitectes J.Barrera, J.Ambuesa i M.Olinde aportaren algunes modificacions al pla general i imprimiren més severitat a l’obra. El nou convent fou dotat esplèndidament pel fundador, el duc Ferran d’Aragó, que morí el 1550 i hi deixà també una rica biblioteca amb uns 200 còdexs amb miniatures renaixentistes italianes, guardades moltes d’elles a la Universitat Literària de València. El convent fou un centre de vida religiosa i de cultura fins el 1835. El 1849 s’hi instal·là un asil de pobres, el 1852 una presó de dones, i el 1869, després d’haver-se desmantellat l’església i modificat la distribució del convent, el 1874 es convertí en presó o penitenciari, destinació que ha tingut fins el 1966. L’any 2000 hi fou inaugurada la Biblioteca Valenciana, amb un fons d’uns 700 000 documents, i el 2001 es convertí també en la seu de l'Acadèmia Valenciana de la Llengua.