Ja el 1282 consta l’existència de culte a sant Salvador dins la fortificació, i de mitjan s XIV són les primeres notícies de l’església. Havent servit s’Almudaina d’Artà d’hospital durant la terrible pesta del 1820, fou cremat tot el que contenia aquella fortificació, excepte la imatge de la Mare de Déu, que havia estat custodiada a l’església parroquial; a partir del 1825 fou construït l’actual santuari, consagrat el 1832.