Segons tradició és l’església més antiga de la ciutat, i hi fou enterrat el bisbe Pacià, suposadament trobat pel bisbe Joan Dimes de Lloris vers el 1590, i que avui té un altar a l’església. El 965 l’església de Sant Just i Sant Pastor fou donada a la catedral de Barcelona, i funcionava amb caràcter de parròquia: pertanyia a la seva demarcació el palau reial i molts dels antics casals nobles de Barcelona (com els dels Oliver, Anglesola, Gualbes, Cardona, Requesens, Caçador), molts dels quals contribuïren a l’edificació de l’església actual i tenen llurs escuts en els murs i en les voltes de les capelles. Aquesta fou començada a edificar el 1345, i les obres duraren dos segles. El primer mestre fou Pere Arús, i més tard (1413), Pere Buïgues. És la darrera de les grans esglésies gòtiques de Barcelona; consta d’una nau dividida en cinc trams, amb voltes de nerviacions i claus de volta historiades. Té sis capelles per banda entre els contraforts, absis poligonal i finestrals calats en murs i capelles. L’altar major, dedicat també a la Mare de Déu de Montserrat, és neoclàssic i fou acabat el 1824, com també ho són la majoria de la resta d’altars, alguns de tipus neogòtic, fets entre el segle XIX i el principi del XX. El més notable és el retaule de la capella de Sant Feliu i de Santa Creu, amb escenes de la vida de Jesús, pintat el 1532; sobre l’altar d’aquesta capella es juren els testaments sacramentals de Barcelona, segons costum dels segles X i XI, recopilat el 1283 en el Recognoverunt proceres, de Pere II. L’església fou enguixada i pintada el 1774, i netejada i restaurada entre els anys 1940 i 1944, sota la direcció de Jeroni Martorell, de les antigues mutilacions i de la profanació del 1936. El 1948 li fou atorgat el títol de basílica menor pel papa Pius XII.
Baptisteri trobat a l'església dels Sants Màrtirs Just i Pastor (Barcelona)
© Basílica dels Sants Màrtirs Just i Pastor / Pere Vivas
Després de la remodelació de l'edifici, al març del 2015 s'inaugurarà la museïtzació de diverses restes arqueològiques que s'hi trobaren, del segle VI, com ara una tomba i una piscina baptismal. A més, s'obriren al públic les terrasses gòtiques i el campanar, i la reforma de la capella del Santíssim i dels Nous Màrtirs, on es descobriren unes pintures del segle XIX de Josep Mirabent i Bartomeu Ribó.