Els seus principals objectius són difondre el coneixement geogràfic propi de les Illes Balears i fomentar la investigació. L’entitat publica amb periodicitat anual el ‘Bolletí de Geografia Aplicada’, que recull treballs científics de caràcter tècnic i divulgatiu, i també edita altres materials a la col·lecció ‘Monografies de la Societat Geogràfica de les Illes Balears’. Convoca anualment un premi d’investigació i concedeix dos guardons honorífics, la Presidència d’Honor de la Societat Geogràfica de les Illes Balears, que reconeix aquelles persones que han tingut un paper destacat en la difusió del coneixement de la geografia de l’arxipèlag, i el premi Albert Quintana Peñuela, destinat a posar de manifest la projecció dels geògrafs de les Balears.