Té els origens en el projecte de l’Escena Catalana Transfronterera, impulsat l’any 2009. Pretén bastir una gran infraestructura per a les arts escèniques centrada en la cultura catalana i mediterrània a partir de la col·laboració amb l’entitat gironina El Canal - Centre d’Arts Escèniques de Salt. N'és el principal impulsor Salvador Sunyer i Bover i ha rebut un important suport financer de la Unió Europea.
La seu fou inaugurada el 10 d’octubre de 2011. Projectada pels arquitectes Jean Nouvel i Brigitte Métra, és compost per sis edificis i té l’emplaçament a la riba dreta de la Tet, entre els ponts d’Aragó i del mariscal Jofre. El formen sis edificis, i la seva distribució suggereix l’estructura d’arxipèlag i els elements simbolitzen l’arrelament a Catalunya. El Granat, el color i la forma ovalada del qual s’inspiren en aquest mineral, és l’edifici principal i acull una sala amb escenari mòbil i capacitat de fins a 1.100 espectadors. La Torre o Capsa escènica, que evoca les talaies de vigilància medievals, domina tot el conjunt. Una segona sala, El Quadrat, té una capacitat de 400 localitats i l’aspecte lleugerament rovellat de l’exterior evoca les mines de ferro del massís del Canigó. L’Estudi, edifici de secció recobert d’alumini, simula un taller i és destinat als assaigs i les produccions més experimentals. L’edifici administratiu, L’Or, es fa ressò amb el seu color de la bandera catalana. El taller de decorats presenta un original revestiment amb cartells d’espectacles de tres entitats perpinyaneses. Un altre edifici, la sala de concerts El Mediator, es troba separat d’aquest conjunt bé que institucionalment en forma part.
La direcció artística del Teatre de l’Arxipèlag és encomanada a Domènec Reixach i Felipe, i l’espectacle inaugural fou La Cantata de l’Arxipèlag, del director del Conservatori de Perpinyà Daniel Tosi. En aquest espectacle col·laboraren el cantant Cali, Sergi López i Ayats, la soprano Bruçu Uyar, Carles Santos i Ventura, Sol Picó i Monllor i l’Orquestra i el Col·legi Vocal Perpinyà-Mediterrània.