Bisbe de Màlaga (1600-03) i arquebisbe de Saragossa (1603-10).
Fill de Joan de Borja i Enríquez, tercer duc borgià de Gandia. Canonge de Toledo, fou consultor del Sant Ofici, membre del consell suprem de la inquisició i president del consell de l’arxiduc-cardenal Albert d’Àustria (1594-98).