Lluità durant la invasió napoleònica en els dos setges de Saragossa, en la batalla de Tudela i en altres accions, i fou lloctinent i secretari del guerriller basc Gaspar Jáuregui. Igualment participà, amb els absolutistes, en la guerra contra els liberals, els anys 1822 i 1823. El 1829 Ferran VII l’ascendí a coronel i l’envià de governador a Ferrol. Destituït pel govern d’aquest comandament en circumstàncies no prou ben aclarides, es retirà a Pamplona. Quan esclatà la primera guerra Carlina (1833) fou nomenat general en cap de l’exèrcit reial de Navarra. Home molt actiu i amb una gran capacitat d’organització, es lliurà a la tasca de formar un exèrcit, i ben aviat pogué combatre victoriosament els cristins amb la tàctica de guerrilles. Més tard s’arriscà a plantejar accions importants, i derrotà successivament diversos generals liberals dels més prestigiosos (a Viana, Eraul, Alegría, Doña María, Deskarga, etc). També sofrí algunes derrotes, que no feren minvar, però, la seva anomenada, gairebé mítica. El 1834 acceptà la humanització de la guerra —que havia estat d’una inaudita crueltat— i les proposicions del diplomàtic i militar anglès Edward Granville Elliot (conveni d’Elliot), pacte que en altres escenaris de la guerra (Catalunya, el Maestrat, el Baix Aragó) fou aplicat més tard. L’any 1835, quan ja semblava invencible al País Basc, el pretendent i la cort li imposaren el setge de Bilbao: el carlisme necessitava prendre una ciutat important per tal d’obtenir crèdits i una més alta consideració diplomàtica. Zumalacárregui preferia atacar Vitòria i entrar per terres de Castella, però obeí. Derrotà Espartero a Durango, i formalitzà el setge de la capital de Biscaia. Al cap de pocs dies, quan observava les posicions enemigues des del santuari de Begoña, fou ferit a la cama per una bala perduda. La ferida no era greu, però ell s’entestà a fer-se portar a Cegama, on hi havia un sanador de la seva confiança. El llarg trasllat, i la intervenció del sanador i de tres metges, amb mètodes diferents, endanyaren la ferida, que al capdavall li provocà la mort, probablement a causa d’una septicèmia. Fou molt popular (era anomenat el tío Tomás) i un cap militar excepcional, per la perícia i la serenitat, com ja no en tingueren d’altre els carlins bascs.