Els efectes tòxics dels aliments poden ésser deguts a moltes causes: contaminació bacteriana (toxinfeccions, si el germen es desenvolupa en l’organisme, com la salmonel·losi, o intoxinacions, si la toxina és preformada en l’aliment, com l’estafilocòccia i en el botulisme); per composts químics afegits intencionadament (certs additius) o no intencionadament (impureses: pesticides, elements radioactius, substàncies procedents de pinsos, —antibiòtics, estrògens—, residus d’envasos); contaminació natural (seleni, mercuri i altres metalls, micotoxines, nitrats); aliments que s’han descompost (ptomaïnes), components que es formen en animals o plantes estacionalment o per causes ambientals (ictiotoxisme de peixos tropicals); components habituals d’aliments sans que són tòxics per a alguns individus (al·lèrgies alimentàries a la llet, al blat, als ous, al peix, etc, intolerància a la llet per dèficit de lactasa, interaccions entre aliments i medicaments, com el favisme); desequilibris en la ració (abús d’aliments comestibles en petites quantitats, com ara plantes que causen goll, espècies, aliments amb antivitamines o inhibidors d’enzims, latirisme, estimulants, ametlles amargues, etc); tractaments tecnològics o culinaris no adients (greixos sobreescalfats, hemoaglutinines en llegums no cuits); substàncies naturals cancerígenes en aliments (aflatoxines i altres micotoxines, nitrosamines, hidrocarburs policíclics, safrol, estrògens, etc); i per animals o plantes no comestibles ingerits per error (amanites i altres bolets, cicuta, belladona, roldor, fetge d’alguns taurons, anguiles tropicals, etc).
f