Aplegà, per invitació del papa Joan Pau II, els líders de totes les principals religions del món per pregar per la pau mundial. La iniciativa sorgí arran d’una carta que Joan Pau II l’any anterior havia rebut del físic Carl Friedrich von Weizsäcker, bon coneixedor del perill nuclear, en la qual li demanava que fes alguna cosa per la pau. Vint-i-cinc anys més tard, a l’àngelus de l’1 de gener de 2011, Jornada Mundial per la Pau, Benet XVI anuncià que volia celebrar el 25è aniversari d’aquella primera Jornada d’Assís a la mateixa ciutat. El papa alemany hi introduí alguns canvis: anul·là l’oració pública en comú per evitar el risc d’una possible falsa interpretació sincretista i establí que els líders religiosos poguessin pregar a les habitacions que tenien assignades al Convent de la Porziuncula. A més, introduí la presència i la intervenció de personalitats no religioses, però compromeses amb la cerca de la veritat i el progrés de la humanitat.