Inspirat en els valors democratacristians, el partit s’erigí des dels inicis com la principal força de centredreta de Navarra. Des del 1986 es presentà en les eleccions generals en coalició amb el PP, essent des d’aleshores la candidatura més votada a Navarra. El 1991 signà el pacte foral de col·laboració institucional i política amb el PP, mitjançant el qual la presència del PP a Navarra quedà en mans de la UPN; aquesta dóna suport al PP en totes les institucions espanyoles (en les quals ha obtingut entre 2 i 3 diputats al Congrés) i europees. Des d’aquest mateix any és la força més votada en les eleccions forals de Navarra, on ha obtingut entre 17 i 23 escons i ha ocupat i presidit la Diputació Foral (llevat d’un breu període en 1995-1996). En fou el primer president Jesús Aizpún Tuero fins el 1997, que fou substituït per Miguel Sanz. El 2008 una disputa sobre la votació als pressupostos al Congrés dels Diputats trencà el pacte PP-UPN. L’any 2009, el congrés de la UPN escollí l’alcadesa de Pamplona Yolanda Barcina com a nova presidenta, en substitució de Sanz, i en les eleccions a la Diputació foral del maig de 2011 la UPN malgrat concórrer separada del PP obtingué de nou majoria relativa (19 escons) i formà un govern de coalició amb el PSOE presidit per Barcina.