Nasqué com a servei de manteniment i suport als vaixells oceanogràfics Hespérides i García del Cid. Més endavant es féu càrrec de la gestió integral de la base antàrtica Joan Carles I. Inicialment adscrita a l'Institut de Ciències del Mar, es convertí en una unitat independent el 2000 en traslladar-se de l’antic centre davant la platja de Sant Sebastià de Barcelona al nou edifici al costat del Port Olímpic de la mateixa ciutat.