Un privilegi reial per a la creació d’un estudi general ja fou atorgat, després d’un seguit d’actuacions del municipi, el 1446 per Alfons IV de Catalunya-Aragó; tanmateix, hom no n'aconseguí la confirmació eclesiàstica i l’arbitri dels fons necessaris per a assegurar-ne el funcionament fins més tard, i la primera pedra no fou col·locada fins al desembre del 1561. Començà a funcionar a l’edifici de les Àligues, a la plaça de Sant Domènec, el 1572. Hom hi impartia els estudis de gramàtica, retòrica, filosofia i teologia; i també dret i medicina, però llur importància devia ésser menor. La seva actuació fou limitada per la del col·legi dels jesuïtes de Sant Martí Sacosta, sovint molt més ben dotat que la Universitat del municipi. El 1717 fou suprimida i unificada amb totes les seves rendes, com totes les de Catalunya, en la de Cervera. Malgrat l’interès del municipi, fins el 1790 hom no li reconegué la propietat de l’edifici, i només gràcies a la revolució del 1868 i al decret del govern provisional del 14 de gener de 1869 pogueren reprendre els estudis superiors a Girona, amb la creació d’una universitat literària, que funcionà durant els cursos 1870-71 i 1873-74. Finalment, el 1969 començà a funcionar el Col·legi Universitari de Girona, integrat en l’Estudi General de Girona, dependent de la Universitat Autònoma de Barcelona. El 1992 el Parlament de Catalunya restituí la Universitat de Girona i hi integrà els centres que la UAB i la Politècnica de Catalunya hi havien anat creant. El rectorat i una bona part dels estudis són als edificis restaurats de les Àligues, el convent de Sant Domènec, i el Seminari, i als campus de Motilivi i del Barri Vell. El 2005 disposava de vuit centres docents i tenia set escoles adscrites de Turisme i dos centres adscrits que impartien Publicitat i Relacions Públiques i Fisioteràpia, a més de l’Escola de Realització Audiovisual i Multimèdia, vinculada a la universitat. El curs 2005-06 oferia 44 titulacions.