Germà de Josep de Margarit i de Biure. Ingressà en l’orde dominicà. Féu engrandir el convent de Sant Domènec de Girona i fou catedràtic de teologia de la universitat gironina. Gràcies al seu germà, els reis francesos el preconitzaren bisbe de Lleida (1642-46) i posssiblement de Solsona (1646-51) i de Barcelona (1651-52). El 1652 s’establí al Rosselló, on Lluís XIV el nomenà bisbe d’Elna (1659), però la Santa Seu no el reconegué fins el 1669.