Després de la conquesta de Sacsahuamán per Castella, l’emperador Manco Cápac II es refugià a Vilcabamba, on fou assassinat. El seu successor, Sairi Tupac, acceptà la proposta del virrei Hurtado de Mendoza de tornar a Cusco (1558), però un noble inca, Tito Cusi Iupanqui, es proclamà emperador i continuà la dinastia de Vilcabamba (1560). Reducte del nacionalisme indígena enfront dels colonitzadors, el virrei Francisco de Toledo sufocà una revolta comandada per Tupac Amaru I (1570-72) i anorreà l’imperi de Vilcabamba.