Probablement n’és el genearca l’infant Alfons de Pamplona, germà del rei Garcia VI, el qual es casà amb Sancha Íñiguez, senyora de Stúñiga. Llur besnet degué ésser el ric home Lope Ortiz de Stúñiga (mort el 1239), senyor de Stúñiga i alferes major de Navarra. El seu net, Íñigo Ortiz de Stúñiga, senyor de Stúñiga i també alferes major de Navarra, passà a Castella el 1274, perquè no volgué reconèixer la reina Joana I, fou reconegut ric home de Castella i rebé la senyoria de Bañares. D’un net seu cabaler, Lope Díaz de Stúñiga y de Haro, senyor de Castroviejo, sortí la línia dels comtes d’Hervías, amb el cognom de Manso de Zúñiga, i a ella pertangué Francisco Manso de Zúñiga y Solas, bisbe de Cartagena i arquebisbe de Mèxic i Burgos, creat comte d’Hervías el 1651. Besnebot de l’esmentat Lope fou Diego López de Stúñiga y de Orozco (mort el 1417), senyor de Stúñiga, mariscal i justícia major de Castella i ambaixador a Roma i Portugal, que fou primer senyor de Béjar (1396), de Galve i de Curiel. La línia principal o dels ducs de Béjar, que portà el cognom de Zúñiga-Guzmán, fou continuada pel seu fill gran, Pedro de Zúñiga y de Leiva (mort el 1453), justícia major de Castella (càrrec que esdevingué hereditari en els seus descendents, ducs de Béjar), que el 1430 fou creat comte de Ledesma, comtat que el 1441 permutà pel de Trujillo, i el 1442 aquest fou subrogat pel de Plasència. El succeí el seu fill Álvaro de Zúñiga y de Guzmán (mort el 1488), segon comte de Plasència, que el 1485 fou creat comte de Bañares i el 1469 duc d’Arévalo, títol que el 1476 li fou canviat pel ducat de Plasència, però fou incorporat a la corona el 1485 i canviat pel ducat de Béjar. Fou pare de Juan de Zúñiga (mort el 1504), membre de l’orde d’Alcántara, i del fill hereu, Pedro de Zúñiga-Guzmán y Manrique (mort el 1484), que fou segon comte de Bañares i primer comte d’Ayamonte el 1475. El succeí el fill gran, Álvaro de Zúñiga-Guzmán y de Guzmán (mort el 1531), que també succeí l’avi en el ducat de Béjar, el qual fou cavaller del Toisó d’Or i el 1526 fou creat marquès de Gibraleón (el seu fill Pedro de Zúñiga y Dorantes, legitimat el 1528, fou creat marquès d’Aguilafuente i formà la línia dels marquesos d’Aguilafuente); el fill segon, Francisco de Guzmán-Zúñiga y de Guzmán (mort el 1525), el succeí en el comtat d’Ayamonte, el 1521 fou creat marquès d’Ayamonte i fou pare de la tercera duquessa de Béjar, que es casà amb Francisco de Sotomayor y Portugal, cinquè comte de Belalcázar i cinquè vescomte de la Puebla de Alcocer. Llurs descencents continuaren la línia principal de Béjar, que s’extingí el 1777, portaren generalment el cognom de López de Zúñiga-Sotomayor i iniciaren, en vida del setè duc, un plet contra la corona per la restitució del ducat de Plasència, que guanyà el dotzè duc; cal destacar-ne llur quadrinet, Juan Manuel Manrique de Zúñiga-Sotomayor y de Mendoza (mort el 1660), novè duc de Béjar, que el 1636 fou agraciat amb el marquesat de Valero i fou pare de Baltasar de Zúñiga-Guzmán y Sarmiento de Silva, primer duc d’Arión (1725). La línia dels marquesos de Loriana fou iniciada per un fill del setè duc de Béjar, Diego de Zúñiga-Guzmán y de Mendoza, que es casà amb la sisena marquesa de Loriana i tercera de la Puebla de Ovando. Llur fill recollí, per matrimoni, la successió de la branca dels marquesos de Baides, i ambdues herències passaren el 1749 als Sarmiento de Velasco, comtes de Salvatierra. La línia dels marquesos d’Ayamonte fou fundada pel fill segon de la tercera duquessa de Béjar, portà el cognom de Guzmán-Zúñiga i s’extingí el 1664. La línia dels marquesos de Villamanrique fou començada per un altre fill de la tercera duquessa de Béjar, Álvaro Manrique de Zúñiga y de Sotomayor, que fou virrei del Perú i el 1575 fou creat marquès de Villamanrique. La línia dels marquesos de Villora fou iniciada per un fill del primer duc de Béjar, que es casà amb la senyora de Villora. Llur descendent, Eugenio de Zúñiga de la Cerda y de Fonseca, fou creat marquès de Villora el 1697. La línia dels marquesos de Mirabel i comtes de Berantevilla fou fundada per un altre fill del primer duc de Béjar, el qual fou pare de Fadrique de Zúñiga y de Sotomayor, senyor de Berantevilla, que el 1535 fou creat marquès de Mirabel. El 1624 el primogènit del quart marquès de Mirabel, Enrique de Zúñiga y Dávila, fou creat comte de Berantevilla i es casà amb la segona marquesa de Povar. La línia dels comtes de Miranda del Castañar i ducs de Peñaranda de Duero, amb el cognom de Zúñiga-Avellaneda, fou començada per un fill del primer comte de Plasència, Diego López de Zúñiga y de Guzmán (mort el 1481), conestable de Castella, que el 1457 fou creat comte de Miranda del Castañar. S'extingí el 1700 amb l’onzena comtessa i setena duquessa, que es casà amb un Chaves, marquès de Santa Cruz de la Sierra, i llurs descendents, cognomenats López de Zúñiga-Chaves, s’extingiren el 1829. Cal esmentar, dins aquesta línia, Juan de Zúñiga-Avellaneda y de Bazán, que es casà amb la seva neboda, sisena comtessa de Miranda del Castañar, i el 1608 fou creat duc de Peñaranda de Duero. La branca dels barons de Castellvell de Rosanes, amb el cognom de Zúñiga-Requesens o Requesens-Zúñiga, fou iniciada per un fill cabaler del segon comte de Miranda del Castañar, Juan de Zúñiga-Avellaneda y de Velasco (mort el 1546), comanador major de Castella a l’orde de Sant Jaume, que es casà amb la pubilla dels Requesens, barons de Castellvell de Rosanes i de Molins de Rei. Foren pares de Lluís de Requesens i de Zúñiga i de Juan de Zúñiga y de Requesens. La branca s’extingí el 1618. La línia dels comtes de Monterrey fou formada per Diego López de Zúñiga y de Leiva, primer senyor de Monterrey (1432), fill del primer senyor de Béjar. El seu fill, Juan de Zúñiga y de Biedma (mort el 1474), fou creat vescomte de Monterrey, i la seva filla i successora es casà amb Sancho de Ulloa, que el 1474 fou fet comte de Monterrey; tingueren una filla, que fou segona comtessa, i del seu primer matrimoni amb un Acevedo sortiren els Zúñiga-Acevedo. Cal esmentar llur besnet, Gaspar de Zúñiga-Acevedo y de Velasco (mort el 1606), cinquè comte de Monterrey, que fou virrei de Nova Espanya i del Perú, i tingué una neboda, Margarita de Zúñiga-Acevedo, que fou quarta comtessa de Fuentes de Valdepero i primera marquesa de Monterroso (1626), nom que el 1632 fou canviat pel de Tarazona, i pel seu matrimoni amb Fernando de Fonseca-Ayala-Toledo, tercer comte d’Ayala, tingué la setena comtessa de Monterrey, muller, sense fills, de Juan Domingo de Zúñiga-Fonseca. La branca dels marquesos de Baides fou iniciada per un fill del primer senyor de Monterrey, Pedro de Zúñiga y de Monsalve (mort el 1503), senyor de Baides, creat comte de Pedrosa pels Reis Catòlics. Un descendent seu, Diego López de Zúñiga y de Velasco, fou creat marquès de Baides el 1621, i la línia s’extingí amb la mort (1698) de la sisena marquesa, que es casà amb el representant de la línia dels marquesos de Loriana. La línia dels comtes de Nieva fou originada per un altre fill del primer senyor de Béjar, Íñigo Ortiz de Stúñiga, senyor de Nieva i mariscal de Navarra, que es casà amb una filla il·legítima del rei Carles III de Navarra i foren pares de Lope de Stúñiga i de Diego López de Zúñiga y de Navarra, creat comte de Nieva el 1473. Aquest fou rebesavi del cinquè comte, Diego López de Zúñiga y de Velasco (mort el 1564), que fou virrei del Perú. La línia s’extingí el 1633 amb la vuitena comtessa. La línia dels Zúñiga de Valladolid, de Guadalajara i d’Alcalá fou començada per un germà del primer senyor de Béjar, i el 1690 Juan de Zúñiga-Guzmán y Fuentes, natural de Guadalajara, fou creat marquès de la Rivera de Tajuña. Pertanyia també a aquest llinatge Félix de Zúñiga y Guzmán, agraciat el 1646 per l’emperador amb el títol de comte del Sacre Imperi.