Inicià els estudis musicals amb P. Marzola, mestre de capella a la catedral de Ferrara, i els continuà del 1768 al 1774 al Conservatori de Nàpols. Durant els anys següents es traslladà primer a Roma, i després a França. Passà dos anys a Marsella abans d’anar a París, on fou mestre de capella i de cant del duc de Penthièvre. A la capital francesa, el 1779 estrenà l’òpera L’école de la jeunesse al Théâtre-Italien. El 1783 es traslladà durant uns quants mesos a Sant Petersburg, a la cort del gran duc Pau de Rússia, on oferí tres concerts, en un dels quals presentà l’oratori Giuseppe riconosciuto, amb text de P. Metastasio. Quan les seves aspiracions a aconseguir un càrrec a Rússia es veieren frustrades, tornà a Itàlia. El 1784 era a Ferrara, on fou coadjutor de B. Petrucci, mestre de capella de la catedral. Morí quan començava a tenir fama com a compositor d’òpera. Prati compongué una desena d’òperes -considerades massa serioses, fins i tot les còmiques-, oratoris i sonates per a clavicèmbal.