Entre el 1674 i el 1676 cantà com a baix al cor de Sant Marc de Venècia, i després fou organista a l’església de Sant Joan i Sant Pau, en 1676-79. Sembla que estudià amb Carlo Grossi i, possiblement, també amb G. Legrenzi. A partir del 1686 es traslladà a la cort del duc de Mòdena i fou nomenat mestre de capella, càrrec que ocupà, amb algunes interrupcions, fins a la seva mort. El 1721 anà a Munic, on la seva filla havia estat contractada com a cantant a la cort bavaresa. Giannettini compongué òperes, oratoris, tant sacres com profans, salms, magníficats, motets i cantates. És considerat el compositor italià de més talent de la seva generació i en vida gaudí de força popularitat. L’òpera Medea in Atene (1675) fou el seu primer gran èxit. Es caracteritza per una gran agilitat rítmica i les parts vocals són suaus però tècnicament exigents. També és notable l’ús que Giannettini fa de l’anomenat stile concitato. En les cantates es pot observar la seva habilitat contrapuntística i la seva facilitat melòdica, mentre que les harmonitzacions de les parts corals dels seus salms són d’una notable simplicitat.