Rebé una educació acurada i cresqué envoltat per l’ambient refinat de la seva mare, la comtessa polonesa Josephine Radolinska. Quan encara era molt jove la família es traslladà a Venècia. El 1853 entrà al Conservatori de Música de Milà, on estudià estètica, piano, violí i composició amb A. Mazzucato. Sembla que fou un estudiant més aviat mediocre, excepte pel que feia a la literatura, la seva gran passió. Al Conservatori de Milà establí amistat amb Franco Faccio, un altre estudiant, amb la col·laboració del qual compongué la cantata Le sorelle d’Italia (1861), que obtingué un gran èxit i amb la qual guanyaren tots dos una beca per a ampliar estudis a l’estranger. Viatjaren a París i fou allí on Boito conegué G. Verdi, per al qual escriví el text de la cantata Inno delle nazioni, presentada a Londres el 1862. També conegué D.F.E. Auber, H. Berlioz, Ch. Gounod i G. Rossini i a Alemanya admirà les òperes de R. Wagner, que esdevingué el seu ídol.
Quan tornà a Itàlia s’establí a Milà, on formà part d’un moviment artístic anomenat Scapigliatura, que tenia com a objectiu una renovació de les arts. Exercí la crítica literària i musical en diversos diaris, com ara la "Gazzetta musicale de Milano", "La Perseveranza" i "Giornale della Società del Quartetto", entre altres, tot usant un to irònic i mordaç. Els seus escrits estan carregats d’atacs contra els qui ell qualificava de "profanadors" de la música italiana. G. Verdi, que se sentí al·ludit en aquests atacs, es mostrà ressentit contra Boito durant uns quants anys. Boito també publicà poesia, novel·les i la comèdia Le madri galanti, en col·laboració amb E. Praga. La influència de les idees del grup Scapigliatura es fa palesa en el seu llibre titulat Libro dei versi i en la fàbula Re Orso. Després de participar durant tres mesos en la guerra al servei de Garibaldi, anà a Polònia, a casa de la seva família materna, on aconseguí acabar l’òpera Mefistofele, que estrenà el 5 de març de 1868 al Teatro alla Scala de Milà. El fracàs fou rotund, en part a causa de l’extraordinària durada de la partitura (cinc actes) i de la seva manca d’experiència com a director d’orquestra. Les reticències del públic envers les innovacions proposades per Boito i l’animositat que despertava l’estil wagnerià també contribuïren al desastre. Això portà l’autor a refer l’òpera de bell nou.
L’estrena de la nova versió a Bolonya el 1875 tingué com a resultat un èxit clamorós, i el 1881 la tornà a estrenar a Milà, on tornà a reixir. Tot i l’oposició inicial de Verdi, G. Ricordi aconseguí finalment que col·laborés de nou amb Boito en la composició de noves òperes i començà una etapa de treball conjunt que donà com a resultat obres com Otello i Falstaff, basades en les peces teatrals de W. Shakespeare. A partir d’aquell moment sorgí una profunda amistat entre Boito i Verdi, relació que duraria fins a la mort d’aquest darrer el 1901. Otello s’estrenà el 1887 amb gran èxit i això els encoratjà a compondre Falstaff. Fou en aquesta època, concretament el 1890, que Boito hagué d’assumir la direcció del Conservatori de Parma, ja que l’anterior director, el seu amic Faccio, estava greument malalt i morí l’any següent. Després de Falstaff, Boito començà a preparar el llibret de Re Lear, òpera que Verdi no arribà a compondre mai. A més de col·laborar amb aquest compositor, també escriví llibrets per a altres autors, com ara A. Ponchielli -per al qual creà el text de La Gioconda -, A. Catalani i G. Puccini. Alguns d’aquests llibrets foren publicats sota el pseudònim Tobia Gorrio, format a partir d’una combinació de les lletres del seu nom i cognom. Mantingué una turbulenta relació amb l’actriu Eleonora Duse, per a la qual adaptà Antoni i Cleopatra, de Shakespeare, obra amb la qual obtingué un gran èxit el 1888.
Compongué dues òperes més, Ero e Leandro i Nerone, però no arribà a estrenar-ne cap. Pel que fa a la primera, cedí el llibret a G. Bottesini i a L. Mancinelli, que l’estrenaren el 1897. La segona, Nerone, inacabada, fou donada a conèixer per A. Toscanini el 1924. Obtingué un èxit notable, a causa sobretot de la interpretació acurada i de l’espectacular escenografia, més que no pas de la música. A part d’aquestes dues òperes deixà un gran nombre d’obres menors, com ara cantates profanes i alguna obra simfònica. Com a compositor patia d’una gran manca de confiança en ell mateix i sembla que era molt sensible a les crítiques. El seu sentit autocrític l’impulsava a revisar les partitures una vegada i una altra, fet que s’esdevingué, per exemple, amb Nerone.
Les adaptacions que Boito feu d’obres de Shakespeare eren d’una notable qualitat, però sovint la fidelitat al text original és traïda a favor de l’adequació a les característiques de l’espectacle operístic i sovint perden subtilesa. El text de La Gioconda, basat en el drama Angelo tyran de Padoue de V. Hugo, té el mateix problema. Falstaff és potser l’adaptació més afortunada perquè es tracta d’una de les obres més lleugeres del dramaturg anglès, de la qual Boito captà fàcilment el sentit de l’humor i la mordacitat. Com a crític es concentrà en l’òpera i la seva manera de concebre el gènere operístic influí les generacions posteriors de compositors.
Mefistofele (Milà 1868-Bolonya 1875); Nerone (Milà 1924)
Il quattro giugno (1860); Le sorelle d’Italia (en col·lab. amb Faccio, 1861); Litania degli esuli polacchi (1861)
Do mi sol... la do mi, cançó per a v. i pno. (1865); La notte diffonde ; per a 4 v. i pno. (1875); Simfonia per a orq. (1875); Inno marcia (1877); Ode all’arte (1880); Scorre per gran pietà, homenatge a Bellini (1886)
Libro dei versi (1887); Re Orso ; Le madri galanti
Amleto (mús. Faccio, 1865); Un tramonto (G. Coronaro, 1873); La Falce (A. Catalani, 1875); La Gioconda (A. Ponchielli, 1876); Ero e Leandro (G. Bottesini, 1879; L. Mancinelli, 1896); Otello (G. Verdi, 1887); Falstaff (G. Verdi, 1893). Traduccions: Rienzi, Tristan und Isolde i l’oratori Das Liebesmahl der Apostole, de R. Wagner
El llibre Mendelssohn in Italia, novel·les i articles
- Marsillach i Lleonart, Joaquim: Enrique Boito y su Mefistófeles, Imp. de J.M.Ducarcal, Madrid 1883