Fins el 1662 fou mestre de capella de la cort dels ducs de Saxònia-Lauenburg a Schlackenwerth. Entre el 1662 i el 1665 exercí el càrrec de vicemestre de capella a la cort de Güstrow i del 1665 al 1673 fou mestre de capella a la de Gottorf. El 1665 rebé l’encàrrec de compondre la música per a la cerimònia de la inauguració de la Universitat de Kiel. El 1686 retornà al seu antic càrrec a Schlackenwerth. Pfleger compongué més de 200 obres sacres, en llatí i en alemany, i diverses odes profanes. Mentre que la seva col·lecció de divuit concerts sacres breus denominada Psalmi, dialogi et motettae (1661), a dues i cinc veus amb acompanyament instrumental reduït, es basa en models italians, la seva música cerimonial ofereix certes similituds amb algunes àries de cantates de D. Buxtehude. Les obres exhibeixen una gran cura en llenguatge instrumental i un notable domini de la tècnica contrapuntística. Les peces amb text en alemany combinen els passatges poètics i els bíblics i mostren Pfleger com un precursor entre els compositors que desenvoluparen la cantata sacra alemanya. Tot i que ha estat considerat un mestre menor, la seva música fou molt coneguda a Leipzig, Ansbach i, en general, al nord d’Alemanya.