A partir del segle XVII esdevingué un important centre de vida i formació musical, on el mestre de capella ensenyava els infantillos, nens de vuit i nou anys que s’iniciaven en aquest món, i una part dels quals formava la capella musical. La tasca educativa, però, s’aturà l’any 1964, moment a partir del qual els membres de la Capella foren homes -capellans i seglars amb formació musical-, que s’hi incorporaven per selecció. Per a certes ocasions també disposaven de la col·laboració de veus femenines, procedents generalment del Cor de València. El seu important i extens repertori no inclou tots els gèneres, perquè els compositors s’havien de sotmetre a les línies rectores traçades pel seu fundador, de manera que s’interpretava exclusivament música polifònica i gregoriana en llengua llatina. Tanmateix, a partir del segle XVIII i durant dos segles, la influència de la música italiana provocà que els oficis de Setmana Santa, especialment les lamentacions, les àries, els recitatius i l’estil florejat, anessin acompanyats de violons, oboès, trompes i altres instruments. Cada dia hi havia establert un repertori musical, a més del que es feia per a determinades celebracions, especialment el dia de Corpus Christi, en què s’interpretaven, com encara es fa actualment, obres de Josep Maria Herb, Joan Baptista Comes, Francesc Xavier Cabo, etc, escrites expressament per a aquesta Capella.