La seva figura és una de les més significatives de la primera història de la música del Mèxic independent. S’inicià com a violinista a la important catedral de Morelia i després ocupà el mateix càrrec a la catedral de Ciutat de Mèxic. Des d’aquí tingué l’ocasió de conèixer l’obra de nombrosos compositors estrangers, i, prenent com a model l’òpera italiana, compongué Catalina de Guisa (1845-59). Estrenada a la capital mexicana, gaudí d’una gran acollida i li proporcionà anomenada. La seva segona obra escènica, Pietro d’Abano, fou representada el 1863 a Ciutat de Mèxic per una companyia d’òpera formada pel mateix Paniagua. Després de l’èxit de la seva primera òpera, creà una escola de música que ràpidament s’omplí d’alumnes. A partir del 1865 visqué a la ciutat de Córdoba, on compongué principalment obres religioses i peces de saló i es dedicà també a la direcció d’orquestres i a la docència. Entre els seus alumnes destacà Melesio Morales.