Després de graduar-se a Harvard (1908) s’interessà inicialment per la composició i direcció orquestral. Seeger és, però, especialment conegut per la seva tasca com a musicòleg i docent. Ensenyà en diverses universitats (Berkeley, Yale, Los Angeles, Harvard, etc.) i estudià principalment aspectes teòrics propis de la musicologia, com també músiques tradicionals. D’una gran originalitat en el seu pensament sobre la música, exercí una considerable influència tant en la musicologia en general com en l’etnomusicologia en particular, i realitzà valuoses contribucions a la institucionalització de la musicologia als EUA. Entre molts altres càrrecs fou president de l’American Musicological Society (1945-46), de la qual havia estat cofundador, i de la Society of Ethnomusicology (1960-61).