Fill d’Orlando Gibbons, es formà com a nen cantor a la capella reial anglesa i al costat del seu progenitor. A la mort del seu pare, el 1625, anà a viure amb el seu oncle Edward Gibbons, que exercia el càrrec d’organista a la catedral d’Exeter. Del 1638 al 1642, moment de la supressió de la música d’església per causa de la guerra civil, fou organista a la catedral de Winchester. A partir del 1651 fou mestre d’orgue i virginal a Londres. El 1660 fou nomenat organista de la capella reial, organista privat de Carles II i organista de la catedral de Westminster. Es mantingué en el servei reial fins el 1666. Pel que sembla, fou a instàncies seves que J.J. Froberger estigué empleat a la cort el 1662. En 1662-65 es veié involucrat en un escàndol sobre els plans de construcció d’un nou orgue a la catedral de Worcester. Obtingué un doctorat a la Universitat d’Oxford el 1664, per petició reial. La seva producció musical és formada per anthems, motets i fantasies per a corda. També col·laborà amb M. Locke en la música de la mascarada de Shirley Cupid and death, estrenada el 1653. John Blow fou un dels seus deixebles.