Pare d’Alfonso Ferrabosco el Vell. Residí a Bolonya, on exercí els càrrecs de cantor i mestre de capella a San Petronio. El 1540, el Senat de la ciutat reconegué els seus dots musicals atorgant-li una beca vitalícia com a responsable de les actuacions públiques dels músics palatins. Durant la seva vida també ocupà distints càrrecs municipals de certa importància que no estaven relacionats amb la música, com el de Regulator et scriba campionis creditorum Montis portarum que rebé per part del Senat. El 1546 feu una estada a Roma com a mestre de la capella Giulia i tornà a Bolonya el 1547. Entre el 1551 i el 1555 fou xantre de la capella papal i company de G.P. da Palestrina. Però tots dos hagueren de deixar la capella pel fet d’estar casats. Entre el 1542 i el 1600 es publicaren els seus madrigals a quatre i cinc veus, que constitueixen el cos més important de la seva obra com a compositor. El seu germà Girolamo també fou músic.