Estudià música amb Manuel Mendes a Évora, on esdevingué mestre de la catedral. Posteriorment aconseguí el mateix nomenament a Lisboa, primer a l’Hospital Real i després, a partir del 1594, a la catedral. Un cop retirat, i poc abans de la seva mort, fou nomenat director musical del seminari de Sant Bartomeu, també a Lisboa. Es dedicà a l’ensenyament durant diversos anys. Entre els seus deixebles destaquen Fernando de Almeida, António Fernándes, J.A. Frouvo i Manuel Machado. Lobo compongué música religiosa d’excel·lent factura en la qual mostrà una gran mestria i domini del contrapunt. És notable també l’adequació expressiva dels textos litúrgics a la música. Amb les seves misses, els seus responsoris i magníficats fou considerat el compositor portuguès més famós del seu temps.