Probablement inicià la seva formació musical amb el seu pare, Alejandro de la Serna, cantor de la seu metropolitana de Sevilla. Organista de la col·legiata de San Salvador de Sevilla el 1593, al cap de dos anys obtingué el mateix càrrec a la cort de Lisboa, on romangué fins el 1604. Es traslladà al Perú, en una data no coneguda, i fou mestre de capella de la catedral de Lima fins el 1614. De la seva obra compositiva només s’han conservat dos tientos per a orgue.