Establert a Itàlia el 1908 amb la seva família, Ghisi estudià contrapunt i harmonia amb C. Gatti al Conservatori de Música de Milà i més tard es traslladà a Torí. Allà compaginà la professió de farmacèutic amb els estudis de música i el 1932 obtingué el títol de composició al Conservatori de Música de Torí. El 1932 es traslladà a Florència, on començà a estudiar història de la música i es convertí en una de les màximes autoritats en polifonia secular renaixentista. Impartí classes a les universitats de Florència, Perusa i Pisa i a l’Institut des Hautes Études de Brussel·les. També oferí nombroses conferències en centres tan prestigiosos com les universitats de Harvard, Yale i de Califòrnia. La seva obra Canti artigiani carnascialeschi (Pàdua, 1939) fou una aportació decisiva a l’estudi de la música polifònica florentina de la Baixa Edat Mitjana i de la monodia del principi del segle XVII. Entre les seves descobertes cal destacar dos fragments pertanyents a l’òpera Dafne, de J. Peri. Com a compositor conreà l’òpera, la música simfònica, coral i de cambra.