Inicià els estudis literaris i musicals a la seva ciutat natal, i els perfeccionà a Brescia amb els mestres Polaroli i Tomeoni, i posteriorment amb el pare Martini, a Bolonya. Vers el 1745 es traslladà a Venècia, la seva ciutat d’adopció, i ràpidament fou reconegut com a mestre de cant i de clavecí. El mateix any 1745 estrenà la primera opéra comique, La vedova accorta, mentre que l’any següent demostrà el seu talent per a l'opera seria amb l’estrena de tres obres a Venècia: Il Cajetto, Orazio e Curiazio i Armida. Dins del gènere, però, la seva millor composició fou Orfeo ed Euridice, estrenada l’any 1776.
El 1752 fou nomenat primer organista de Sant Marc de Venècia, basílica per a la qual escriví la major part de la seva música sacra, gènere musical en què, amb l’ús del contrapunt, evidencia la influència de les ensenyances de Martini. Entre les nombroses peces que compongué, la més aconseguida fou els Impromperia per a la Setmana Santa. L’any 1755 esdevingué mestre del cor i professor del Conservatorio dei Mendicanti, per al qual compongué nombroses obres per a cor femení i orquestra, entre les quals hi ha un miserere, que fou confrontat amb el que Hasse havia escrit el 1728 per al Conservatorio degli Incurabili. Les temporades 1778-80 i 1781-83 fou director del Haymarket Theatre, a Londres, entitat en la qual es dedicà a la producció d’òperes i pasticci. En tornar a Venècia substituí B. Galuppi com a mestre de capella de Sant Marc (1785), càrrec que exercí fins que es retirà l’any 1810. Bertoni fou l’últim exponent de la música del settecento venecià, i representà la tradició enfront d’una generació indiferent davant la composició de música sacra o profana, melodrames seriosos o opera buffa.
50 òperes, entre les quals: La vedova accorta (1745); Orazio e Curiazio (1746); Antigona (1756); Lucio Vero (1757); La bella Girometta (1761); Achille in Sciro (1764); L’Olimpiade (1765); Semiramide riconosciuta (1767); Alessandro nelle Indie (1769); Eurione (1770); Narbale (1774); Artaserse (1776); Orfeo ed Euridice (1776); La governante (1779); Armida (1780); Eumene (1783); 18 obres dramàtiques ocasionals, 12 ariette i duos
48 oratoris, la majoria per a veus solistes femenines i cor femení, entre els quals: De prodigo filio carmina sacra (1756); Virtutum concordia (1769), Gloria et exaltatio fidei in Abraham sacrificio (1770); Saul furens (1774); Canticorum sponsa (1777); 2 misses, 1 rèquiem, prop de 25 moviments de misses, més de 40 salms (3, 4, 8 v., org./orq.), 17 himnes (2-8 v., orq.), 87 motets (la majoria per a veu femenina solista i orq.), 9 antífones marianes
2 marxes fúnebres per a orq., 6 simfonies, 6 sonates per a clav./pno. i vl., 6 trio sonates per a 2 vl. i baix, 13 quartets de corda
- Bustico, G.: Un musicista salodiano del secolo XVIII: F. Bertoni, dins Illustrazione Bresciana, 1911
- Caffi, F.: Bertoni, Ferdinando, veneto, maestro di cappella, dins Storia della musica sacra nella già cappella ducale di San Marco in Venezia dal 1318 al 1797, vol. I, Venècia 1854
- Gerosa, M.: Il melodramma e la musica del Salodiano Bertoni, dins Il Benaco nei ricordi e nelle sovrane bellezze, vol. II, Brescia 1956