Estudià teologia i música. A partir del 1473 treballà en diverses ciutats italianes com Màntua, Verona i Gènova. El 1478 anà a Nàpols, on entrà en contacte amb músics importants com Johannes Tinctoris, Guarnier i Icart. Després de passar per Lodi, Monticello i Bèrgam, s’establí a Milà, ciutat on exercí el càrrec de mestre de capella de la catedral des del 1484 fins a la data de la seva mort. A la capital de la Llombardia compaginà la tasca a la catedral amb el servei com a cantor a la capella de Ludovico Sforza. Gaudí d’un ampli reconeixement social per part dels seus contemporanis, i fou considerat un dels músics més importants i informats del seu temps. Mantingué contactes amb molts altres compositors i teòrics.
La seva producció musical és constituïda bàsicament per música religiosa, misses i motets escrits en l’estil característic de la polifonia francoflamenca per a les necessitats litúrgiques de la catedral milanesa. Tota la seva música religiosa, juntament amb la d’altres compositors, s’ha conservat en una col·lecció de quatre manuscrits compilats sota la seva direcció. També compongué alguns madrigals. A més, existeixen diversos volums de misses i motets recollits per A. Bortone, F.I. Fano i L. Migliavacca en la sèrie "Archivium Musices Metropolitanum Mediolanense", en 1958-60. La seva faceta més destacada, no obstant això, es desenvolupà en el camp de la teoria musical. Escriví diversos tractats que cobreixen la major part d’aspectes d’aquesta disciplina, tant des del punt de vista especulatiu com pràctic. Els seus escrits més importants són Theorica musicae (Milà, 1492), Practica musicae (Milà, 1496), segurament el més important i influent, i De harmonia musicorum instrumentorum (Milà, 1518). Durant els darrers anys de vida mantingué una forta controvèrsia amb Giovanni Spataro de Bolonya, un seguidor de les teories de Bartolomé Ramos de Pareja.
- Finscher, L., ed.: Franchinus Gafurius: Opera omnia, "Corpus Mensurabilis Musicae", núm. 10, American Institute of Musicology, 1955-60
- Palisca, C.V., ed.: The Theory of Music, Yale University Press, New Haven 1993
- Young, I., ed.:The Practica Musicae of Franchino Gaffurius, University of Wisconsin Press, Madison 1969