Treballà al servei de la cort de l’arxiduc Maximilià d’Àustria a partir del 1560. Quan aquest esdevingué emperador, l’any 1564, Mergot passà a ocupar un lloc com a baix a la capella de la cort de Viena. La mort del sobirà, l’any 1576, i la dissolució de la capella musical feren desaparèixer també qualsevol altra notícia sobre Mergot. Se li han atribuït amb seguretat alguns motets publicats entre el 1567 i el 1568. Possiblement és el Franciscus Porto del qual es conserva un madrigal a cinc veus en una col·lecció italiana del 1547.