En 1660-61 estudià teologia a Wittenberg i poc després fou cantor a l’església de Sant Joan a Perleberg. El 1664 succeí a Michael Jacobi com a cantor a Lüneburg, càrrec que ocupà durant trenta anys. En el transcurs d’aquest període es veié immers en contínues disputes amb les autoritats eclesiàstiques pel seu intent de millora de les condicions interpretatives de la música religiosa. La majoria de les obres profanes que Funcke escriví per a festivitats i actes socials s’ha perdut. Tampoc no s’ha conservat la música que compongué per a la passió segons sant Lluc. Li ha estat atribuïda una Passió segons sant Mateu, anònima, que té una singular importància en la història del gènere. També escriví un tractat teòric titulat Janua latino-germanica ad artem musicam, clavibus facilioribus in usum scholae...Lunaeburgensi (1680), del qual no ha arribat cap exemplar.