De sòlida formació musical, començà a exercir d’organista i mestre de capella a Berlín el 1936. Dos anys després obtingué la plaça d’organista a Sant Nicolau de Potsdam (1938-40). L’esclat de la Segona Guerra Mundial el feu sortir d’Alemanya, i es refugià a França, on fou director musical de la ràdio alemanya a la França ocupada. Acabada la guerra retornà al seu país, i entre el 1946 i el 1964 feu d’organista a l’església de Sant Kilian, a Heilbronn. El 1947 fundà el Cor Heinrich Schütz, on destacà en el repertori barroc fins el 1973, any en què es retirà. Werner excel·lí sobretot per les seves interpretacions de l’obra de J.S. Bach, de la qual feu magnífics enregistraments.