Estudià amb F.N. Fago, L. Leo i V.A. Pagliarulo al Conservatorio della Pietà dei Turchini de Nàpols. El 1748 es traslladà a Praga, on fou mestre de clavicèmbal. El ressò que aconseguí li permeté d’exhibir-se durant els anys següents a les corts de ciutats com Dresden i Berlín. Des del 1758 visqué a Sant Petersburg, on les seves composicions i òperes foren molt apreciades. El 1761 tornà a Itàlia i es casà a Florència. Entre el 1762 i el 1777 compongué catorze òperes, entre les quals destaquen I matrimoni in maschera (1763) i, sobretot, L’olandese in Italia (1765), que del 1765 al 1770 fou representada als principals teatres italians. Durant aquests anys Rutini continuà les seves tasques d’intèrpret i mestre de clavicèmbal, instrument per al qual compongué fins els últims anys de la seva vida. A partir del 1780 també es dedicà a les composicions de música sacra. Entre el 1748 i el 1795 publicà dinou reculls de música instrumental, principalment sonates de dos o tres moviments. Aquesta llarga producció artística presenta una constant evolució de la forma de la sonata: des de l’estil galant arriba, en les obres més madures, a la forma típica de la transició entre la música per a clavicèmbal i el nou estil pianístic que es desenvolupava en aquell període. Aquests resultats són particularment evidents en els reculls Opus 7 (1770) i Opus 9 (1774).