Entre el 1611 i el 1614 estudià amb el famós compositor holandès J.P. Sweelinck. El 1629 ocupà l’antic lloc del seu pare como a organista a l’església de Santa Caterina a Hamburg. Fou molt apreciat per les seves qualitats d, expert en orgues, compositor i pedagog. Entre els seus nombrosos deixebles cal esmentar J.A. Reincken i W. Fabricius. Com a organista i compositor de música per a orgue, exercí una gran influència sobre M. Weckermann. Fundador de l’escola organística del nord d’Alemanya, destacà per l’esperit innovador de la seva música. Amplià l’estil del seu mestre Sweelinck a la recerca d’un llenguatge musical específicament pensat per a l’orgue. De les cinquanta obres que se’n conserven, les més importants són les adaptacions de corals i un magníficat, que tingueren un paper molt important en la introducció de noves formes, com la fantasia coral. Les seves 12 praembula contenen reminiscències de les fantasies i tocates de Sweelinck. Scheidemann adaptà també alguns motets d’O. de Lassus i H.L. Hassler, utilitzant elements tècnics similars als usats en les seves fantasies corals.