Després de rebre les primeres lliçons d’orgue del seu pare, estudià a Hamburg amb Hinrich thor Molen i a Colònia amb Albinus Walran. En 1580-82 ocupà el càrrec d’organista a Erfurt. Posteriorment tornà a Hamburg, on el 1586 substituí el seu pare com a primer organista a Sankt Jacobi, càrrec en el qual romangué fins a la mort. Prengué part en unes proves organístiques celebrades a Groningen el 1596, en les quals també participaren Hans Leo Hassler i Michael Praetorius. Escriví més de cent motets, la majoria amb textos llatins i alguns en alemany i amb melodies tradicionals. D’ell es conserven també sis misses, nou magníficats i algunes obres per a orgue. Pel que fa a les misses -totes elles misses paròdia-, quatre es basen en els seus propis motets, i les altres dues -Non auferetur sceptrum i Paratum cor meum -, en motets de Jacob Meiland i Stefano Felis. Gairebé la meitat dels motets de H. Praetorius són composicions policorals de vuit a vint veus dividides en dos, tres o quatre cors i es compten entre les primeres obres escrites en aquesta tècnica d’influència veneciana publicades al nord d’Alemanya. Tot i que l’estil és similar al dels motets policorals de Hassler, l’expressió del text és més viva, ja que hi introduí contrastos de textura, harmonia i ritme. Els seus motets més celebrats foren posats en tabulatura per a orgue per organistes rellevants, com ara Heinrich Scheidemann. Praetorius fou un dels compositors més importants de les dues primeres dècades del segle XVII al nord d’Alemanya.
Liber missarum, 5, 6, 8 v., publ. 1616 (inclou les misses: Missa ’Angelus ad pastores', 8 v.; Missa ’Benedicam Dominum', 6 v.; Missa ’Factum est silentium', 8 v.; Missa ’Non auferetur sceptrum', 6 v.; Missa ’Paratum cor meum', 5 v.; Missa ’Tulerunt Dominum meum')
Canticum Beatae Mariae Virginis seu Magnificat, 8, 10, 12 v. (publ. 1602)
Cantiones sacrae de festis praecipuis totius anni, 5-8, 10, 12 v., publ. 1599 (inclou, entre d’altres, els motets: Ecce Dominus veniet, 8 v.; Gaudete omnes, 6 v.; Gloria tibi, Domine, 6 v.; Suscipe verbum, 8 v.); Canticum Beatae Mariae Virginis seu Magnificat, 8, 10, 12 v., publ. 1602 (inclou, entre d’altres, els motets: Domine, Dominus noster, 8 v.; Levavi oculos meos, 10 v.); Cantiones variae, 5-8, 10, 12, 16, 20 v., publ. 1618 (inclou, entre d’altres, els motets: Ecce novus sanctam, 6 v.; Herculeum dulci modulo, 8 v.; O lux beata Trinitas, 6 v.); Cantiones novae officiosae, 5-8, 10, 15 v., publ. 1618 (inclou, entre d’altres, els motets: Exaltabo te Deus meus, 6 v.; Hodie Christus natus est, 6 v.; Laudate Dominum omnes gentes, 8v.)
8 magníficats per a orgue, tons 1-8 (1611)