Es crià a Florida, on el 1963 començà a tocar la bateria en grups de rhythm-and-blues, rock i pop. L’any 1967 s’inicià en el baix elèctric i el 1974 tocà i gravà amb Pat Metheny. L’any següent enregistrà com a líder l’àlbum Jaco Pastorius amb alguns dels millors músics de l’època. El mateix 1975 entrà al conjunt Weather Report, on romangué fins el 1982. Durant la primera part dels anys vuitanta treballà amb el seu propi grup, Word of Mouth, i alhora tocà i gravà amb altres formacions i músics. Pastorius tocava el baix sense trasts, i el seu estil i virtuosisme crearen escola. Morí de resultes de les ferides produïdes en una baralla.