Fill del també compositor Santos de Aliseda, formà part de la capella musical de la catedral de Granada entre el 1557 i el 1577, any en què s’ordenà de sacerdot. El 1580 fou nomenat mestre de capella de la catedral, càrrec en què succeí el seu pare i que mantingué fins que es retirà, el 1589. Fou un dels primers mestres de capella de la catedral granadina amb obligació d’escriure música, no solament chanzonetas i entremesos, sinó també polifonia litúrgica. Escriví bàsicament música religiosa: motets, lamentacions i dues misses, avui perdudes. El seu estil està molt influït per Cristóbal de Morales i l’escola polifònica andalusa.