Estudià a Kosmonos i a Jicín, a l’escola dels jesuïtes. El trasllat de la família a Prússia, l’any 1742, li permeté ingressar a l’orquestra de la cort. El 1750 fou nomenat mestre de capella del duc Frederic III de Saxònia-Gotha, al servei del qual restà fins el 1778, després que li fos concedit, el 1770, el títol de kapelldirector. Durant la primera època a la cort de Gotha compongué nombroses cantates i música instrumental, i fou tant sols a partir del 1765 que es dedicà a l’òpera, gènere que li proporcionà fama i reconeixement. Després de l’estrena de la seva única òpera italiana Xindo riconnosciuto, emprengué un viatge a Itàlia, on entrà en contacte amb l’estil operístic d’aquell país. En tornar es dedicà plenament a la composició operística, i el 1774 escriví el primer melodrama en alemany, Ariadne auf Naxos, que el convertí en el fundador del teatre musical en aquesta llengua. L’èxit de la peça feu que n’escrigués un segon, Medea, i encara un tercer, Pygmalion, el més important de tots tres. Benda conreà també el singspiel i la música instrumental.