La dada més antiga sobre la seva vida és del 1679, any en què apareix com a organista i mestre de capella de la catedral de Vic. El mateix any formà part del tribunal per a la plaça d’organista de Santa Maria del Mar de Barcelona, que guanyà Gabriel Manald. El 1680, en desdoblar-se els càrrecs d’organista i de mestre de capella a la catedral de Vic, Baseia optà pel primer, i el segon fou per a Francesc Soler. La darrera notícia sobre la seva vida data del setembre del 1687, en ocasió de la candidatura que presentà al càrrec d’organista de Santa Maria del Mar, empresa en la qual no reeixí. Es coneixen sis obres de Joan Baseia: una missa a nou veus, dos villancets, un tono i dues gaytillas per a orgue.