Durant tota la seva carrera fou membre de diverses agrupacions musicals de caràcter municipal. Fins el 1664 serví com a instrumentista de vent i corda a Leipzig. Descontent, pel que sembla, de la seva posició, intentà millorar-la optant al lloc de cantor a l’església de Sant Tomàs de Leipzig, però la seva experiència com a músic municipal no li serví per a obtenir el càrrec. El 1681 es traslladà a Bautzen, on romangué fins a la seva mort. L’aportació més important de Pezel a la història de la música són les seves dues col·leccions de sonates per a conjunts de cornetes i trombons, titulades Hora decima musicorum (1670) i Fünff-stimmgte blasende Music (1685). Aquestes peces s’interpretaven des de la torre de l’ajuntament, segons una antiga tradició de la ciutat. Pezel aconseguia brillants efectes de contrast tot alternant amb rapidesa passatges de caràcter imitatiu amb altres de textura homofònica. Les seves obres foren sempre molt superiors a les dels seus col·legues municipals. Compongué també algunes cançons i cànons sacres i dues misses. Deixà escrits tres tractats que no arribà a publicar.