Rebé les primeres lliçons de música de H. Schwemmer, sota la direcció del qual cantà com a tiple al cor de l’església de Sant Sebald, a Nuremberg. Entre el 1661 i el 1668 fou alumne de clavicèmbal de G.C. Wecker, mestre també de J. Pachelbel. Els primers anys de la seva carrera estigueren estretament relacionats amb la trajectòria del seu germà, gràcies al qual pogué aconseguir els millors càrrecs. Durant un breu temps treballà com a músic de cambra a Zeitz, i el 1678 fou nomenat mestre de capella del comte Heinrich I a Greiz. A partir del 1680 exercí el mateix càrrec a la cort del duc Christian, a Eisenberg. Krieger fou un contrapuntista consumat que excel·lí especialment en la composició de fugues dobles, fet que li valgué els elogis de G.F. Händel i J.S. Bach. Compongué al voltant de 235 obres sacres, de les quals només s’han conservat trenta-tres. D’aquestes, dotze són cantates en alemany, dues són cantates en llatí, i la resta són motets, magníficats i fragments de misses. La seva música instrumental comprèn partites, preludis i fugues per a tecla. Escriví també diverses òperes.