El 1655 entrà al cor de la capella electoral de Dresden sota la direcció de H. Schütz i més tard prosseguí la seva educació musical a Leipzig amb S. Knüpfer. Aquest, que el considerava un excel·lent clavicembalista, el recomanà i, finalment, Schelle el substituí com a kantor a l’església de Sant Tomàs. La seva producció musical és exclusivament sacra. Compongué gran quantitat de cantates amb text en alemany i contribuí notablement a l’establiment de la cantata evangèlica com a forma independent. Amb les seves obres afavorí la difusió de les diferents menes de cantates corals a l’ús, com la bàsica, consistent en cinc veus amb acompanyament de dos violins, dues violes i fagot amb baix continu. Schelle adoptà el pla formal del seu mestre Knüpfer amb una simfonia introductòria, cor inicial amb alternància del coral i episodis solistes i instrumentals, tot i que inclogué sovint la repetició del cor inicial de la cantata. L’estructura formal d’alguna de les cantates corals, com Vom Himmel kam der Engel Schar ('Del cel vingué l’estol d’àngels'), possiblement influí en J.S. Bach. Entre les seves adaptacions de salms destaca Lobe den Herrn meine Seele ('Lloa el Senyor, ànima meva') per la seva extraordinària complexitat.