El 1603 era al servei de l’arquebisbe de Salzburg, i l’any següent, fou nomenat vicemestre de capella del prelat. Mestre de capella el 1607, poc després ocupà aquest mateix càrrec a la cort de l’arxiduc Maximilià II a Innsbruck, ciutat on romangué la resta de la seva vida. Stadlmayr fou un compositor prolífic i prestigiós que meresqué els elogis de M. Praetorius en el seu Syntagma musicum (1618) i de W.C. Printz en Historische Beschreibung (1690). Les seves obres circulaven en antologies pels Països Baixos i Itàlia i es difonien en tabulatures per a teclat. Compongué la seva abundant producció gairebé exclusivament per a l’Església Catòlica i en el seu repertori destaquen misses, magníficats, salms i himnes. El seu estil es nodreix tant de les tradicions del segle XVI com dels trets més innovadors del XVII. Aconseguí una articulació clara dels textos litúrgics mitjançant frases curtes de declamació sil·làbica, seguint les inflexions naturals del llenguatge. Els seus Hymni (1628), en un estil més modern, presenten varietat de conjunts de veus i instruments, sovint violins i cornetes, i contrastos entre seccions en contrapunt imitatiu i altres d’escrites homofònicament.