El 1662 fou nomenat organista de la catedral d’Ely, càrrec que exercí fins a la seva mort malgrat la ceguesa que li sobrevingué el 1677. La família Ferrabosco gaudia de protecció reial i ho prova el fet que John aconseguís el títol de doctor en música per la Cambridge University el 1671, per disposició expressa de Carles II. Les obres vocals de John Ferrabosco, quasi totes arribades fragmentàriament, són religioses i es conserven, en manuscrits de l’època, a la mateixa catedral d’Ely. El corpus encara existent consta de dotze anthems, alguns fragments de serveis litúrgics i també una suite per a virginal.